Proses peer review dilakukan untuk menjamin kualitas dan subtansi artikel pada jurnal yang diterbitkan. Proses ini merupakan proses objektif yang dilakukan oleh semua jurnal ilmiah. Mitra bestari dan Editor di Jurnal Sistem dan Informatika (JSI) memiliki peran penting untuk menjamin kelangsungan proses ini dengan prosedur sebagai berikut:

• Evaluasi Awal. Editor melakukan evaluasi awal terhadap semua artikel yang baru diajukan. Pada tahap ini, Editor melakukan pengecekan terhadap ruang lingkup jurnal, plagiarisme, dan kaidah penulisan. Artikel yang masih jauh dari ketentuan awal, mungkin dapat ditolak pada tahap ini. Artikel yang lolos pengecekan akan dikirimkan ke dua orang Reviewer.
• Tipe Peer Review. JSI menerapkan double-blind review, yaitu penulis tidak mengetahui siapa yang me-review dan begitu juga sebaliknya. Hal ini dilakukan untuk menjaga objektivitas.
• Plotting Reviewer.
Penugasan Reviewer terhadap sebuah artikel didasari atas pertimbangan bidang keahliah Reviewer.
• Laporan Reviewer. Reviewer ditugaskan untuk memberikan umpan balik/ulasan terhadap artikel dengan mempertimbangkan orisinalitas, struktur dan alur tulisan, kode etik penulisan ilmiah, kepemilikan terhadap hasil yang jelas dan mendukung apa yang disimpulkan, rujukan terhadap penelitian terdahulu yang terkait. Koreksi tata bahasa tidak merupakan bagian dari proses ini, namun Reviewer tidak dilarang untuk mengoreksi tata bahasa.
• Lama Proses Review. Lamanya proses review tergantung dari respon yang diberikan oleh masing-masing Reviewer. JSI menerapkan kebijakan untuk memberikan total dua (2) minggu kepada Reviewer sejak mulai ditugaskan. Tugas Reviewer mungkin akan dialihkan jika tidak memberikan respon dalam kurun waktu satu sampai dua minggu. Reviewer dapat memberikan rekomendasi berupa "Artikel diterima", "Revisi minor", "Revisi mayor", atau "Artikel ditolak". Jika terdapat revisi, penulis akan mendapatkan notifikasi untuk melakukan revisi, yang dikirimkan beserta komentar Reviewer melalui email. Hasil revisi akan diperiksa kembali untuk memastikan bahwa catatan dari Reviewer telah dilaksanakan dengan baik.
• Laporan Akhir. Laporan atau keputusan akhir berupa "Artikel diterima" atau "Artikel ditolak" akan dikirimkan kepada penulis yang mungkin juga berisi beberapa komentar dari Reviewer maupun Editor.
• Evaluasi Akhir. Sebelum artikel diterbitkan, editor mungkin mengirimkan permohonan perbaikan terhadap tata bahasa atau gambar yang digunakan pada artikel.